Zu den Meilensteinen unter den Ausstellungen in der Franzensfeste gehören die im Jahr 2008 beherbergte Europäische Kunstbiennale Manifesta 7 sowie die 2009 ausgetragene grenzübergreifende Landeausstellung Labyrinth::Freiheit. Seit 2011 finden biennal die Ausstellungsformate 50x50x50 mit Kunst aus Südtirol sowie seit 2016 die Academiae Youth Art Biennale statt.
